1850 ca Kaisermühlen ohne RANDErstmalig werden Kaisermühlen in einer Urkunde aus dem Jahre 1674 erwähnt, es ist eine Kurzbezeichnung für die k.k. Schiffmühlen, die unter dem damals veröffentlichten Dekret des Kaisers arbeiteten. Schiffmühlen und somit auch k.k. Schiffmühlen gab es aber in ganz Österreich.
Ursprünglich gehörte das Gebiet Kaiserin Maria Theresia, welche es 1744 mit dem Deutschen Ritterorden gegen Hetzendorf tauschte. So kam die "Herrschaft Stadlau" zum Deutschen Ritterorden und somit auch Kaisermühlen, welches zu dieser gehörte. Die Besiedelung - beginnend durch Schiffmüller begann ca. 1804, ab 1820 sind Siedler nachgewiesen, die auch nachweislich im heutigen Kaisermühlen wohnten.

Entstehung des Bezirksteiles „An den Kaisermühlen“

Um die Zeit 1820 gehörten die Gründe des heutigen Bezirksteiles Kaisermühlen zur Gemeinde Stadlau und war damals als Fahnenstangenhaufen oder Fahnenstangen bezeichnet. Erzherzog Ludwig, Großonkel von Kaiser Franz Josef kaufte 1844 dieses Gebiet, aber nur die Teile am rechten Donauufer, an dem Kaisermühlen bis zur Regulierung 1875 gelegen war, dem Deutschen ritterorden ab. Damit war auch der Grundstein für die Eingemeindung 1850 unter dem Provisorischen Gemeindegesetz gelegt. 1830 wurde hier auch der Landeplatz der Donaudampfschiffahrtsgesellschaft errichtet, von dem die Dampfschiffe nach Bratislava und Budapest abfuhren. Durch die Mühlen und den Landungsplatz kam es zu beachtlichem aufschwung in Kaisermühlen und die ersten Wirtshäuser entstanden.

Die Gegend wurde damals schon oft als "bei den Kaisermühlen" bezeichnet, die Bezeichnung entstand offiziell allerdings erst mit der Eingemeindung, bis dahin lautete die Adresse der Häuser "Fahnenstangen".

Donauregulierung

Als das Projekt der Donauregulierung anstand wurde am 15. März 1870 mit der Abgrabung für das neue Donaubett begonnen. Die eingeebnete Fläche wurde zum Inundationsgebiet (Überschwemmungsgebiet) gestaltet und mit einem Damm das so entstandene erweiterte Donaubett als Hochwasserschutz eingerichtet.
Am 14. April 1875 um 20 Uhr erfolgte der Durchstich am sogenannten Roller wodurch sich die Donau in das neue Bett ergoss und Kaisermühlen vollends von der Leopoldstadt abgeschnitten war. Eine Überfuhr (schwimmende Brücke) und ein notdürftig für Fußgeher gebauter Übergang über die noch unfertige Kronprinz-Rudolf-Brücke erlaubten die notwendige Kommunikation mit dem Stadtgebiet,
Am 21. April 1876 wurde die Brücke eröffnet und so eine wintersichere Verbindung zu den anderen Stadtteilen hergestellt.

Kaisermühlen hieß einmal Fahnenstangen

Wohl war die Bezeichnung „In den Kaisermühlen“ allgemein gebräuchlich, doch findet sich seltsamerweise bis 1878 in den Verzeichnissen der Zustellbezirke des Postamtes Leopoldstadt für Kaisermühlen die Bezeichnung „Fahnenstangen“. Dieser Name leitet sich aus dem Fahnenstangenwasser ab das ein Nebenarm der Donau war, der vom Kaiserwasser abzweigte, knapp an, der Nordseite des Augartens und an der Taborlinie (erste Taborbrücke) vorbei über das Gelände der heutigen Nordbahn (Fischerhäufel) floss und dann wieder am Ende der sogenannten Schwimmschulallee in das Kaiserwasser einmündete. In diesem Donauarm landeten die Holzschiffe und Flöße, ihre Ankunft wurde durch Fahnen angezeigt, die auf Stangen hochgezogen wurden. Weite Teile des Fahnenstangenwassersw wurden bei der errichtung des Nordbahnhofes 1830 zugeschüttet und im verbliebenen toten Arm war nur mehr die k.k. Militär-Schwimmschule gelegen.